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从上世纪五十年代开始西甜瓜科学研究，中心现有在编职工20名，工程院院士1名，具有高级专业技术职称12人。国家西甜瓜产业技术体系岗位科学家3名，综合试验站站长1名。自治区岗、站专家5人。 根据学科设置，中心现有4个创新团队：西甜瓜分子设计育种创新团队、瓜类功能基因组学与基因编辑创新团队、南疆特色甜瓜品种改良与创新团队和甜瓜栽培生理创新团队。建有 KASP基因分型平台、西甜瓜基因编辑平台和生物信息学平台，开展基因定位和功能基因组研究。建有中长期基地3个：海南三亚试验基地、吐鲁番市和亚尔乡示范基地和喀什疏勒示范基地，基地基础设施建设较为完善；乌鲁木齐市实验室面积140平方米，拥有各种仪器30多台/套。